เส้นทางของเหล่ามนุษย์กลายพันธุ์หรือมิวแนได้มาถึงทางแยก พวกเขาจะต้องเลือกว่าจะรักษาพลังหรือความพิเศษของตนไว้และหลบหนีไปใช้ชีวิตที่ไม่ต้องยุ่งเกี่ยวกับมนุษย์ธรรมดา หรือว่าจะลบพลังของตนออกเพื่อใช้ชีวิตร่วมกับมนุษย์ เมื่อชาร์ลส์ ซาเวียร์ ชายที่สนับสนุการอยู่ร่วมกันระหว่างสองเผ่าพันธุ์ต้องหันหน้าสู้กับอดีตเพื่อนที่คิดจะทำลายล้างมนุษย์ แม็กนีโต้ ในสงครามครั้งนี้ ใครจะเป็นฝ่ายชนะ? และอนาคตจะเดินไปในทิศทางใด??