เต่านินจาที่เกิดขึ้นจากการทดลองแปลกประหลาดของนักวิทยาศาสตร์ได้หลุดออกจากสถานทดลองและใช้ชีวิตอยู่กับพี่น้องทั้งสี่และอาจารย์หนูในท่อระบายน้ำ แต่เมื่อถึงเวลาพวกเขาก็พร้อมจะใช้ความสามารถในการต่อสู้ที่ได้รับการสั่งสอนจากอาจารย์ในการช่วยเมืองจากพวกคนชั่วและองค์กรชั่วร้าย ภายใต้การช่วยเหลือจากสาวนักข่าวและตากล้องจำเป็นของเธอ