การต่อสู้ครั้งใหม่ของฮีโร่อุลตร้าแมนได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว ในขณะที่โลกกำลังเข้าสู่วิกฤตครั้งใหม่อย่างช้า ๆ อุลตร้าแมนเอ็กซ์กับผู้ช่วยของเขาเองก็กำลังท่องไปยังอวกาศอันกว้างใหญ่เพื่อคอยอารักษ์ขาความปลอดภัยให้กับจักรวาล เพียงแต่ระหว่างนั้นทั้งสองคนกลับถูกดึงเอาพลังวิเศษออกไปจากร่างและนั่นทำให้พวกเขาต่างต้องออกตามหาพลังที่หายไปพร้อมกับเดินทางมาปกป้องโลกเอาไว้