อนิเมชั่นภาคต่อของยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ในภาคนี้จะเล่าถึงจุดเริ่มต้นของสาวน้อยไฮบาระ ไอ หรืออีกชื่อของเธอคือมิยาโนะ ชิโฮะ หนึ่งในนักวิทยาศาสตร์ผู้คิดค้นยาที่ทำให้ชินอิจิตัวเอกของเรื่องนี้กลายเป็นเด็กในชื่อเอโดงาวะ โคนัน ทำไมเธอจึงถูกตามล่าตัวจากองค์กรมืด และรถไฟปริศนานี้มีอะไรเกี่ยวข้องกับเธอกันแน่?