หลังจากที่ ดร.โรบ็อทนิก ได้พ่ายแพ้ให้กับเจ้าแม่นสายฟ้าโซนิคไปในภาคก่อน เขาก็กลับมาอีกครั้งพร้อมกับ นัคเคิล หนูสีแดงที่จะกลายเป็นศัตรูคนใหม่ของโซนิค เขาได้ส่งนัคเคิลไปตามหาวัตถุประลาดที่มีอานุภาครุนแรง และต้องเป็นหน้าที่ของ โซนิค และเทลล์ ในการออกตามหาวัตถุชิ้นนั้นให้เจอก่อนที่มันจะตกอยู่ในมือของวายร้าย